採用森田自我療法的適應症主要的：焦慮症、疑病症、強迫症、恐怖症、植物神經功能紊亂，胃腸神經症及其它類型的神經症（癔症除外）。本療法適合於迫切求醫，有治療願望者。

在治療當中，不去考慮治好治不好的問題，通過治療程序逐漸慢慢打開領悟的途徑。在治療過程中，患者可讀有關森田療法的書，現已翻譯為中文的書：神經質的實質與治療（森田正馬著）、森田心理療法實踐（高良武久著）森田療法與新森田療法（大原健士郎著）。在這一療法實施中，要不斷地將森田療法的治療原則，生活態度付諸實踐中，也可適當地模仿森田住院療法的絕對臥床期、輕工作期、重工作期和生活訓練期來安排自療的方案。但強調一點，森田自我療法中最重要的是通過對森田理論的學習來不斷提高自己的認知，不斷地把順其自然，為所當為的原則付諸實踐的過程。僅通過研讀森田理論而自癒的患者也比比皆是。

治療原則是首先要患者了解症狀的本質，明確患者的感受屬於功能性障礙。對於出現的症狀，主觀上不予排除，再痛苦也要原樣地接受，帶著"症狀" 去從事日常生活、工作、學習，即"保持原狀"。只有這樣，患者便自然地把痛苦的注意轉向無意識注意的狀態，於是"痛苦"便在意識中消失或減弱。森田先生指出："凡是自然的都是真實的"，指導患者不管出現什麼思想、情感，考慮什麼問題都不在乎，優劣、醜美都是沒有價值的。要認清這是人類自然的心態。把人的" 本心"導入自覺狀態。充分認識這個道理後，首先從處理身邊事物著手，凡自己能做的事情，力求自己去完成。這是脫離自己轉向外向的最佳途徑。正如森田先生所述"欲要整心應先整形"，重要的是行動，一旦進入行動，與此相應地，其心也必然趨向吻合於形，即"外相完整，內相自熟"，是以態度影響認識的自我心理調整的道理。

患者不要把症狀掛在口頭上，經常敘說症狀，自然"把注意力固著於症狀"而出現痛苦。實現以現實為本位的人生觀，力求以現實為主的生活。家屬不要對患者談病問病，不要以病人對待他們，這對於患者早領悟很有好處。